Sua fundação aconteceu no dia 14 de junho de 1956
Estanciano Esporte Clube foi fundado em 14 de junho de 1956 após uma dissidência de desportistas do Cruzeiro Esporte Clube, (antigo clube social e esportivo de Estância). Após discreta participação no campeonato amador, o Estanciano adentra a partir de 1960 na era do professionalismo. Nesse período, muitos atletas destacaram-se a nível regional e nacional, a exemplo de Aguinaldo Augusto (Guio), o qual chegou a ser reserva do fenômeno da época, o príncipe, Danilo Menezes, na equipe do Clube de Regata Vasco da Gama-RJ.
Na década de 70, o Estanciano, juntamente com outras equipes do futebol sergipano, abriram o mercado de trabalho para atletas como: Augusto (goleiro), Mário Portela (zagueiro), Mendonça (meio campista), etc… Mas, foi a partir de 80, com o advento da construção do Estádio Augusto Franco, Francão (com a capacidade para aproximadamente 12 mil pessoas e com arquitetura moderna) que o Estanciano conquistou o seu espaço no cenário esportivo do nordeste e nacional, através de uma equipe competitiva montada com craques experientes renegados pelos grandes clubes e mesclado por jogadores pratas da casa , egresso das divisões inferiores.
Em 1983, o Estanciano disputou dois amistosos com duas maiores equipes do futebol brasileiro, Fluminense/RJ e Vasco da Gama, com o placar de 2×2 e 0x1, respectivamente.
Recebeu também equipes como, Sport do Recife, Esporte Club Bahia e Vitória Neste período, o Estanciano manteve uma regularidade nos campeonatos sergipanos, colocando-se sempre entre os quatros melhores, conquistou em diversas oportunidades turnos e fases, obtendo sua melhor perfomance no ano de 1983, quando brilhantemente disputou o título com as duas maiores equipes do estado, alcançando o vice-campeonato. Naquele ano, a equipe foi consagrada pela imprensa sergipana como o ‘’carrosel Canarinho’’.
Nesta fase áurea, o Estanciano revelou para o futebol sergipano e nordestino, sendo destaque o atleta Edi, que iniciou sua carreira profissional com 16 anos, logo se transfeiru para associação Desportiva Confiança, tendo brilhante passagem no Sport Clube do Recife quando em uma das oportunidades marcou o ‘’Gol do Fantástico’’ da TV Globo. Teve também uma breve passagem no futebol português.
O Estanciano tinha seu campo situado a Rua da Boa Viagem hoje Monsenhor Santiago, e nos fundos do Antigo Cruzeiro, existia a Casa da Cultura (que já foi recentemente cedida para a construção do SENAC) e o Hospital Amparo de Maria.
Em 2003, a equipe do Estanciano, que adotou a cidade de Itaporanga D’Ajuda como sede no primeiro turno do Campeonato Sergipano, e retornou à Estância, cidade de origem, no segundo turno. Para isso, a diretoria do Estanciano, contando com o apoio de alguns torcedores e abnegados do clube, tentou providenciar a reforma do Campo do Estanciano, mas não conseguiu porque a situação encontra-se na justiça. À época, segundo o presidente Miguel Valério, a diretoria pretendia cumprir as exigências da FSF, quando da vistoria realizada nos estádios de Estância.
Campeonato Sergipano – 1ª Divisão
No sobe e desce nas suas participações pelo Campeonato Sergipano, durante o seu desempenho em competições oficiais ao longo de sua história, o Estanciano Esporte Clube, nos anos de 1971 , fica na 9ª colocação do Campeonato Sergipano da 1ª Divisão, e nos anos posteriores: 1972 (7º), 1973 (7º) e 1974, ficou no 11º colocado. Depois, em 1981, ficou no 2º colocado, 1982, 4º colocado, em 1983, 4º e 1984, 4º colocado. 1992, 8º, 1993, 6º e 1994, 8º colocado. Em 2001, ficou em 14º. Já em 2010, conseguiu a 9º colocação, 2011, 4º, 2012, 4º. 2013 2º, 2014, 6º e 2015, 9º. No ano de 2021, ficou na 9ª colocação do Campeonato Sergipano, 1ª Divisão.
Campeonato Sergipano – 2ª Divisão
Em 1997, já pelo Campeonato Sergipano da 2ª Divisão, Série A 2, o Estanciano Esporte Clube, o “Canarinho do Piauitinga”, sagrou campeão. Foi o primeiro título conseguido, durante sua trajetória no futebol sergipano profissional. No dia 29 de maio de 1997, o Estanciano venceu o Gararu Esporte Clube, no jogo de ida, o Estádio João Alves Filho, na cidade de Gararu, pelo placar de 2 x 1. Já em 1º de junho de 1997, no jogo de volta, Estanciano, dentro de casa, com o único gol da partida, marcado pelo cabeça de ´área, Roberto Carlos, o Canarinho venceu o Gararu por 1 x 0. O presidente á época, era Zé Magno, filho do prefeito, também a época, José Nelson de Araújo, o Zé Nelson. O Estanciano, na sua história de fundação, foi campeão apenas uma vez e vice campeão por apenas duas vezes. Disputou o Campeonato Brasileiro em 2015, ficando na 10ª colocação.
